A história de nossa entidade começa com a Associação de Peritos Criminais Oficiais do Estado de Mato Grosso (APECO/MT).
Fundada em 08 de setembro de 1994 e filiada a Associação Brasileira de Criminalística (ABC), a APECO/MT teve como presidentes, ao longo de sua existência, os seguintes peritos: José Roberto Inham, de outubro de 1994 a maio de 1997; Arlindo José Bergamim, de maio de 1997 a janeiro de 2001; Nilson Damião da Silva, de janeiro de 2001 a abril de 2002; Márcio Corrêa Godoy, no biênio 2002/2004, reeleito para o biênio 2004/2006; Francisco Morais de Oliveira, de março a julho de 2006; Rondon Souza Oliveira, de 26 de julho 2006 a março de 2010; Márcio Corrêa Godoy, de abril de 2010 a março de 2014; Alisson Fagner dos Santos Trindade, no biênio 2014/2016, reeleito para o biênio 2016/2018 e Antonio Henrique Machado Magalhães de abril de 2018 a março de 2019.
No dia 22 de fevereiro de 2006, ainda na gestão de Márcio Godoy, por decisão tomada em Assembléia Geral, a APECO/MT foi transformada em Sindicato, surgindo então, o Sindicato dos Peritos Oficiais Criminais do Estado de Mato Grosso (SINDPECO/MT).
Em 03 de março do mesmo ano, Márcio Godoy pede afastamento para assumir a presidência da Associação Brasileira de Criminalística (ABC) e passa o cargo ao vice-presidente, Francisco Morais de Oliveira, que assume interinamente a presidência do Sindpeco-MT e convoca novas eleições. No dia 26 de julho de 2006, toma posse a primeira diretoria eleita do Sindpeco-MT, presidida por Rondon Souza Oliveira.
Os peritos criminais são profissionais de nível superior, com formação acadêmica em diversas áreas de conhecimento técnico-científico, devidamente admitidos por concurso público.
Atuam logo após a ocorrência de um delito, quando são requisitados (por Autoridade Policial, Poder Judiciário, Ministério Público ou Presidente de Sindicância) para examinar cenas de crimes, onde levantam todos os vestígios ali deixados, registrando cuidadosamente as situações em que foram encontrados
Passa-se, então, à fase dos exames em laboratórios, quando o perito analisa cada um desses vestígios, interligando-os, de modo a possibilitar a formação do juízo sobre o fato ocorrido, demonstrando com detalhes a maneira como ocorreu e identificando a sua autoria.
Em Mato Grosso, os peritos criminais são lotados nas Unidades de Criminalística de cada região, vinculadas à Diretoria Geral de Perícia Oficial e Identificação Técnica - POLITEC e da Secretaria de Estado de Segurança Pública - SESP.
Atualmente o quadro de peritos criminais é de 272 (duzentos e setenta e dois) profissionais, distribuídos em 15 (quinze) unidades de Criminalística, localizadas nos municípios de Cuiabá, Sinop, Cáceres, Rondonópolis, Barra do Garças, Alta Floresta, Água Boa, Pontes e Lacerda, Tangará da Serra, Primavera do Leste, Juína, Confresa, Sorriso, Alto Araguaia, Guarantã do Norte e Diamantino.